aggregateBioVar

DOI:10.18129 / B9.bioc.aggregateBioVar

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅aggregateBioVar。

对多种学科scRNA-seq差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.16

为单细胞RNA-seq收集的数据来自多个主题(如生物样品或技术复制),这个包包含工具总结单细胞基因表达谱的主题。SingleCellExperiment对象作为输入并转换为SummarizedExperiment对象的列表,每个列表元素对应于一个指定的细胞类型。SummarizedExperiment对象包含聚合gene-by-subject数矩阵和inter-subject列个别对象的元数据,可以使用下游加工批量RNA-seq工具。

作者:杰森·拉特克利夫称(aut (cre)安德鲁·瑟曼(aut),迈克尔·[所有]奇门蒂Alejandro Pezzulo(施)

维护人员:杰森·拉特克利夫称< jason-ratcliff uiowa.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“aggregateBioVar”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“aggregateBioVar”)

HTML	R脚本	多种学科scRNA-seq分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录,转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据、方法S4Vectors,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment、矩阵、宠物猫rlang
链接
建议	BiocStyle、魔法、knitr rmarkdown testthat,BiocGenerics,DESeq2,dplyr magrittr ggplot2、cowplot ggtext, RColorBrewer pheatmap、viridis
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar
BugReports	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	aggregateBioVar_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	aggregateBioVar_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	aggregateBioVar_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	aggregateBioVar_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aggregateBioVar
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ aggregateBioVar
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/aggregateBioVar/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/aggregateBioVar/
包下载报告	下载数据