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VplotR
DOI:10.18129 / B9.bioc.VplotR
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VplotR。
套工具V-plots和计算足迹档案
Bioconductor版本:3.16
从DNA核酸酶消化和保护的模式如DNAse我,微球菌的核酸酶,和Tn5转座酶可以用来推断的位置相关的蛋白质。这个包包含有用paired-end测序片段密度函数分析模式。VplotR促进代V-plots和足迹档案在单一或聚合感兴趣的基因位点。
作者:雅克Serizay (aut (cre)
维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“VplotR”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VplotR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“VplotR”)
| HTML | R脚本 | VplotR |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ATACSeq,对齐,BiologicalQuestion,报道,NucleosomePositioning,测序,软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.0),GenomicRanges,IRanges,ggplot2 |
| 进口 | cowplot magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignmentsRColorBrewer动物园,Rsamtools,S4Vectors、并行、reshape2、方法、图形、统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | GenomicFeatures,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,covr testthat knitr、rmarkdown pkgdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/js2264/VplotR |
| BugReports | https://github.com/js2264/VplotR/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | VplotR_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | VplotR_1.8.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | VplotR_1.8.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | VplotR_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VplotR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VplotR |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/VplotR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/VplotR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
