VDJdive

DOI:10.18129 / B9.bioc.VDJdive

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VDJdive。

分析工具10 x V (D) J数据

Bioconductor版本:3.16

这个包提供了处理和分析功能的免疫受体曲目数据,如由CellRanger V (D) J管道。这包括数据解读R,合并与配对单细胞数据,量化clonotype丰度,计算多样性指标和生产常见的情节。它实现了em算法clonotype任务,以及其他方法,利用模糊细胞提高量化。

作者:凯利街(aut (cre),Mercedeh Movassagh (aut)吉尔Lundell (aut)贾里德·布朗(施),Linglin黄(施)

维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VDJdive”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VDJdive”)

HTML	R脚本	VDJdive工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ImmunoOncology,RNASeq,SingleCell,软件,TargetedResequencing
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2)
进口	蛇怪,BiocParallel,ggplot2 cowplot gridExtra,IRanges、矩阵、方法RColorBrewer,网状,S4Vectors,SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	分离、covr knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kstreet13/VDJdive
BugReports	https://github.com/kstreet13/VDJdive/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VDJdive_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	VDJdive_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	VDJdive_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VDJdive_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VDJdive
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VDJdive
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VDJdive/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VDJdive/
包下载报告	下载数据