TCGAutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAutils

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TCGAutils。

TCGA效用函数进行数据管理

Bioconductor版本:3.16

一套辅助功能检查和操纵,TCGA数据包括数据从curatedTCGAData获得实验方案。这些功能旨在简化处理,TCGA数据更易于管理。导出功能包括那些数据从平面文件导入Bioconductor对象,通过环球数码创意转化为行注释,标识符翻译API。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre)卢卡斯希弗(aut),肖恩·戴维斯(施),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TCGAutils”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TCGAutils”)

HTML	R脚本	TCGAutils必需品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,预处理,软件,WorkflowStep
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicDataCommons,IRanges、方法、MultiAssayExperiment,RaggedExperiment(> = 1.5.7),房车,S4Vectors、统计、stringrSummarizedExperiment跑龙套,xml2
链接
建议	AnnotationHub,BiocFileCache,BiocStyle,curatedTCGAData,ComplexHeatmap,dplyr devtools httr,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,嫁祸于knitr magrittr,mirbase.db,org.Hs.eg.db,readr RColorBrewer rmarkdown,RTCGAToolbox(> = 2.17.4),rtracklayer,R。testthat跑龙套,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues
取决于我
进口我	cBioPortalData,RTCGAToolbox,terraTCGAdata
建议我	CNVRanger,curatedTCGAData,dce,glmSparseNet
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TCGAutils_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	TCGAutils_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TCGAutils_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAutils
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAutils
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TCGAutils/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAutils/
包下载报告	下载数据