StructuralVariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.StructuralVariantAnnotation

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅StructuralVariantAnnotation。

变异注释结构变异

Bioconductor版本:3.16

StructuralVariantAnnotation提供了一个框架,用于分析Bioconductor生态系统内的结构变异。这个包包含包含有用的辅助函数来处理结构性变异VCF格式。包包含函数解析vcf流行的电话以及处理断点功能涉及两个不同的基因位点编码为农庄组织对象。

作者:丹尼尔·卡梅隆(aut (cre),破坏盾(aut)

维护人员:丹尼尔卡梅隆< daniel.l。卡梅伦在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“StructuralVariantAnnotation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“StructuralVariantAnnotation”)

HTML	R脚本	结构变异注释包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	GenomicRanges,rtracklayer,VariantAnnotation,BiocGenericsR (> = 4.1.0)
进口	为了,Biostrings,dplyr stringr方法、rlangGenomicFeatures,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb
链接
建议	ggplot2、devtools testthat(> =魅惑,roxygen2, rmarkdown, tidyverse, knitr,ggbio,biovizBase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	svaNUMT,svaRetro
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	StructuralVariantAnnotation_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	StructuralVariantAnnotation_1.14.1.zip
macOS二进制(x86_64)	StructuralVariantAnnotation_1.14.1.tgz
macOS二进制(arm64)	StructuralVariantAnnotation_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructuralVariantAnnotation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ StructuralVariantAnnotation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/StructuralVariantAnnotation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/StructuralVariantAnnotation/
包下载报告	下载数据