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SpotClean
DOI:10.18129 / B9.bioc.SpotClean
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpotClean。
SpotClean调整在空间转录组数据交换位置
Bioconductor版本:3.16
SpotClean是现货的计算方法调整空间转录组数据的交换。最近空间转录组实验利用幻灯片包含成千上万的斑点spot-specific条形码结合mRNA。理想情况下,独特的分子标识符点测量spot-specific表达式,但这通常不是由于流血从附近的景点,一个工件我们称之为现货交换。SpotClean能够估计的污染率观测数据和清除现场交换效应,从而增加下游的灵敏度和精度分析。
作者:子健倪(aut (cre)
Christina Kendziorski(施)
维修工:子健倪< zni25 wisc.edu >
从内部引用(R,回车引用(“SpotClean”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpotClean”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SpotClean”)
| HTML | R脚本 | SpotClean |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,GeneExpression,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,空间,转录组 |
| 版本 | 1.0.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.2.0) |
| 进口 | 属性、方法、跑龙套,dplyrS4Vectors,SummarizedExperiment,SpatialExperiment矩阵,rhdf5、ggplot2、网格readbitmap rjson,宠物猫,冬青,grDevices, RColorBrewer,修,rlang |
| 链接 | |
| 建议 | knitr testthat(> =魅惑,BiocStylermarkdown, R。跑龙套,拼写 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/zijianni/SpotClean |
| BugReports | https://github.com/zijianni/SpotClean/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SpotClean_1.0.1.tar.gz |
| Windows二进制 | SpotClean_1.0.1.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SpotClean_1.0.1.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SpotClean_1.0.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpotClean |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpotClean |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SpotClean/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SpotClean/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
