SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpatialExperiment。

S4类空间解决转录组数据

Bioconductor版本:3.16

定义了一个S4类存储数据的空间解决转录组(ST)实验。类扩展SingleCellExperiment支持额外的信息存储和检索基于spot和分子圣平台,包括空间坐标、图像和图像元数据。专门的构造函数是10倍的数据包括基因组学Visium平台。

作者:达里奥Righelli (aut (cre),大卫。Risso (aut),海伦娜·l·Crowell (aut),卢卡斯·m·韦伯(aut)

维护人员:达里奥Righelli <达里奥。在gmail.com righelli >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpatialExperiment”)

HTML	R脚本	介绍SpatialExperiment类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件,空间,转录组
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,SingleCellExperiment
进口	rjson grDevices,魔法,跑龙套,S4Vectors,SummarizedExperiment,DropletUtils,BiocGenerics,BiocFileCache
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle,BumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment
BugReports	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
取决于我	ExperimentSubset,imcdatasets,imcRtools,MerfishData,MouseGastrulationData,spatialLIBD,SPIAT,STexampleData,TENxVisiumData,VectraPolarisData,WeberDivechaLCdata
进口我	CTSV,cytomapper,ggspavis,lisaClust,nnSVG,SingleCellMultiModal,spaSim,spatialDE,SpatialFeatureExperiment,spicyR,SpotClean,standR,stJoincount,“航行者”号
建议我	GeomxTools,关注的焦点
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpatialExperiment_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SpatialExperiment_1.8.1.zip
macOS二进制(x86_64)	SpatialExperiment_1.8.1.tgz
macOS二进制(arm64)	SpatialExperiment_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpatialExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialExperiment/
包下载报告	下载数据