SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpatialExperiment

S4类空间解决转录组数据

Bioconductor版本:3.16

定义了一个S4类存储数据的空间解决转录组(ST)实验。类扩展SingleCellExperiment支持额外的信息存储和检索基于spot和分子圣平台,包括空间坐标、图像和图像元数据。专门的构造函数是10倍的数据包括基因组学Visium平台。

作者:达里奥Righelli (aut (cre),大卫。Risso (aut),海伦娜·l·Crowell (aut),卢卡斯·m·韦伯(aut)

维护人员:达里奥Righelli <达里奥。在gmail.com righelli >

从内部引用(R,回车引用(“SpatialExperiment”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialExperiment”)

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文档

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文本 新闻

细节

biocViews DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件,空间,转录组
版本 1.8.1
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 方法,SingleCellExperiment
进口 rjson grDevices,魔法,跑龙套,S4Vectors,SummarizedExperiment,DropletUtils,BiocGenerics,BiocFileCache
链接
建议 knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle,BumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/drighelli/SpatialExperiment
BugReports https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
取决于我 ExperimentSubset,imcdatasets,imcRtools,MerfishData,MouseGastrulationData,spatialLIBD,SPIAT,STexampleData,TENxVisiumData,VectraPolarisData,WeberDivechaLCdata
进口我 CTSV,cytomapper,ggspavis,lisaClust,nnSVG,SingleCellMultiModal,spaSim,spatialDE,SpatialFeatureExperiment,spicyR,SpotClean,standR,stJoincount,“航行者”号
建议我 GeomxTools,关注的焦点
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SpatialExperiment_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 SpatialExperiment_1.8.1.zip
macOS二进制(x86_64) SpatialExperiment_1.8.1.tgz
macOS二进制(arm64) SpatialExperiment_1.8.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialExperiment
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SpatialExperiment/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialExperiment/
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