这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SomaticSignatures。
Bioconductor版本:3.16
SomaticSignatures包标识单核苷酸变异的突变特征(SNVs)。它提供了一个基础设施相关Nik-Zainal描述的方法(2012单元),与弹性矩阵分解算法。
作者:朱利安格林
维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >
从内部引用(R,回车引用(“SomaticSignatures”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SomaticSignatures”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SomaticSignatures”)
HTML | R脚本 | SomaticSignatures |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化 |
版本 | 2.34.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(9年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.5.0),VariantAnnotation,GenomicRanges,NMF |
进口 | S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostringsggplot2,ggbio,NMF reshape2pcaMethods,Biobase、方法、代理 |
链接 | |
建议 | testthat knitr,平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,SomaticCancerAlterationsggdendro fastICA,股东价值分析 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures |
BugReports | https://support.bioconductor.org |
取决于我 | |
进口我 | YAPSA |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SomaticSignatures_2.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | SomaticSignatures_2.34.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | SomaticSignatures_2.34.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | SomaticSignatures_2.34.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SomaticSignatures |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SomaticSignatures/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/ |
包下载报告 | 下载数据 |