单
DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅单。
Reference-Based单细胞RNA-Seq注释
Bioconductor版本:3.16
执行公正的细胞类型识别从单细胞RNA序列数据,利用参考转录组数据集的纯细胞类型推断出每个独立单细胞起源的细胞。
作者:Dvir亚兰(aut (cph),亚伦Lun(施,cre),丹尼尔Bunis[所有],贾里德·安德鲁斯(施),Friederike Dundar(施)
维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“单”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(单)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“单”)
| HTML | R脚本 | 注释scRNA-seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 注释,分类,聚类,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组 |
| 版本 | 2.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | SummarizedExperiment |
| 进口 | 方法、矩阵S4Vectors,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocParallel,BiocSingularRcpp统计,跑龙套,beachmat、并行 |
| 链接 | Rcpp,beachmat,BiocNeighbors |
| 建议 | testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle,BiocGenerics,SingleCellExperiment,天窗,嘘,食物,scRNAseq,pheatmap ggplot2 grDevices gridExtra,冬青,celldex |
| SystemRequirements | c++ 17 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/LTLA/SingleR |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/ |
| 取决于我 | OSCA。先进,OSCA。基本,OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook |
| 进口我 | singleCellTK |
| 建议我 | tidySingleCellExperiment |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SingleR_2.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SingleR_2.0.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SingleR_2.0.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SingleR_2.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/单 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SingleR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
