SimBu

DOI:10.18129 / B9.bioc.SimBu

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SimBu。

模拟批量从单细胞RNA-seq数据集的数据集

Bioconductor版本:3.16

SimBu可以用来模拟大部分RNA-seq数据集与已知的细胞类型分数。您可以使用自己的单细胞研究模拟或sfaira数据库。存在不同的预定义的仿真场景,选择定制的模拟运行。此外,表达式的值可以通过添加一个适应mRNA偏见,并产生更多的生物相关的模拟。

作者:亚历山大·迪特里希(aut (cre)

维护人员:亚历山大·迪特里希< alex。迪特里希在tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SimBu”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SimBu”)

HTML	R脚本	开始
HTML	R脚本	输入和输出
HTML	R脚本	信使rna偏差引入模拟与比例因子
HTML	R脚本	使用Sfaira公共数据集成
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于
进口	蛇怪,BiocParallel、数据。表、dplyr ggplot2,工具,矩阵(> = 1.3.3),方法,phyloseq,RColorBrewer proxyC RCurl,网状,sparseMatrixStats,SummarizedExperiment,tidyr
链接
建议	卷发,knitr、matrixStats rmarkdown、修testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/omnideconv/SimBu
BugReports	https://github.com/omnideconv/SimBu/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SimBu_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	SimBu_1.0.2.zip
macOS二进制(x86_64)	SimBu_1.0.2.tgz
macOS二进制(arm64)	SimBu_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SimBu
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SimBu
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SimBu/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SimBu/
包下载报告	下载数据