SCArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCArray

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCArray。

大规模的单细胞RNA-seq数据操作与GDS文件

Bioconductor版本:3.16

提供大规模的单细胞RNA-seq数据操作使用基因组数据结构(GDS)文件。它结合了密集和稀疏矩阵存储在GDS文件和Bioconductor基础设施框架(SingleCellExperiment和DelayedArray)提供内存不足数据存储和大规模使用R编程语言操作。

作者:Xiuwen郑(aut (cre)

维护人员:Xiuwen郑< Xiuwen。郑在abbvie.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SCArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SCArray”)

HTML		概述
HTML	R脚本	单细胞RNA-seq数据操作使用GDS文件
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,基础设施,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),gdsfmt(> = 1.27.4)、方法DelayedArray(> = 0.16.0)
进口	BiocGenerics,S4Vectors,IRanges跑龙套,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,DelayedMatrixStats
链接
建议	矩阵,嘘,RUnit uwot knitr减价,rmarkdown,rhdf5,HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SCArray
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SCArray_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SCArray_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SCArray_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SCArray_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCArray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCArray
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SCArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCArray/
包下载报告	下载数据