这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。
这个包是Bioconductor的3.16版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅RNASeqRData。
Bioconductor版本:3.16
这个R包是专为病例对照RNA-Seq分析(群)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“读取对齐和量化”,“能够微分分析”和“功能分析”。每一步都对应一个函数在这个包中。在运行功能,基本RNASeq分析将是很容易完成的。
作者:Kuan-Hao曹国伟
维修工:Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“RNASeqR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RNASeqR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“RNASeqR”)
HTML | R脚本 | RNA-Seq分析基于一个独立变量 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,KEGG,归一化,通路,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.16.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0), ggplot2,pathview,刨边机、方法 |
进口 | Rsamtools、工具、网状舞会礼服,rafalib gridExtra FactoMineR、factoextra corrplot, PerformanceAnalytics, reshape2,DESeq2,systemPipeR,systemPipeRdata,clusterProfiler,org.Hs.eg.db,org.Sc.sgd.db,pheatmap stringr grDevices、图形数据,跑龙套,剂量,Biostrings、并行 |
链接 | |
建议 | knitr rmarkdown、png、网格RNASeqRData |
SystemRequirements | RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持窗口。Python2强烈推荐。如果您的机器是Python3,确保“版本2”命令可用。 |
增强了 | |
URL | https://github.com/HowardChao/RNASeqR |
BugReports | https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | RNASeqR_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS二进制(x86_64) | RNASeqR_1.15.1.tgz |
macOS二进制(arm64) | RNASeqR_1.16.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/ |
包下载报告 | 下载数据 |