RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.16版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅RNASeqRData

RNASeqR: R包自动双官能团RNA-Seq分析工作流

Bioconductor版本:3.16

这个R包是专为病例对照RNA-Seq分析(群)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“读取对齐和量化”,“能够微分分析”和“功能分析”。每一步都对应一个函数在这个包中。在运行功能,基本RNASeq分析将是很容易完成的。

作者:Kuan-Hao曹国伟

维修工:Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“RNASeqR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RNASeqR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RNASeqR”)

HTML R脚本 RNA-Seq分析基于一个独立变量
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalPrediction,,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,KEGG,归一化,通路,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0), ggplot2,pathview,刨边机、方法
进口 Rsamtools、工具、网状舞会礼服,rafalib gridExtra FactoMineR、factoextra corrplot, PerformanceAnalytics, reshape2,DESeq2,systemPipeR,systemPipeRdata,clusterProfiler,org.Hs.eg.db,org.Sc.sgd.db,pheatmap stringr grDevices、图形数据,跑龙套,剂量,Biostrings、并行
链接
建议 knitr rmarkdown、png、网格RNASeqRData
SystemRequirements RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持窗口。Python2强烈推荐。如果您的机器是Python3,确保“版本2”命令可用。
增强了
URL https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 RNASeqR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64) RNASeqR_1.15.1.tgz
macOS二进制(arm64) RNASeqR_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/
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