REMP

DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅REMP。

重复的元素甲基化预测

Bioconductor版本:3.16

基于机器学习工具来预测DNA甲基化locus-specific重复元素(重新)通过学习周围的遗传和表观遗传信息。这些工具提供了全基因组和单碱基的DNA甲基化预测再保险决议难以衡量使用基于数组或sequencing-based平台,使epigenome-wide协会研究(ewa)和差异甲基化区域(DMR)分析再保险。

作者:忆南向郑(aut (cre), Lei刘(aut)(音译)(aut),沃伦·基布(aut)贾丽芳侯(aut (cph)

维护人员:忆南向郑< y-zheng northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“REMP”)

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文档

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PDF	R脚本	介绍REMP包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GenomeWideAssociation,MethylationArray,微阵列,多通道,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0)
进口	readr,rtracklayer、图表、数据、跑龙套、方法设置,BiocGenerics,S4Vectors,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel脱字符号,,doParallel并行foreach kernlab,管理员,BSgenome,AnnotationHub,org.Hs.eg.db,嫁祸于,迭代器
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38knitr rmarkdown,minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports	https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	REMP_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	REMP_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	REMP_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	REMP_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REMP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/REMP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/
包下载报告	下载数据