PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PureCN。

拷贝数调用和SNV分类使用针对性的短的阅读顺序

Bioconductor版本:3.16

这个包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失(LOH),并分类(SNVs)单核苷酸变异体细胞地位和单克隆。PureCN是专为有针对性的短读取测序数据,整合与标准体细胞变异检测和拷贝数管道,并支持肿瘤样本没有匹配的正常样本。

作者:马库斯·里斯(aut (cre)Angad p·辛格(aut)

维修工:马库斯·里斯<马库斯。里斯在novartis.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PureCN”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PureCN”)

HTML	R脚本	最佳实践,快速启动和命令行用法
PDF	R脚本	PureCN R包的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,ImmunoOncology,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRangesRColorBrewer (> = 2.2.1),S4Vectors、数据。表、grDevices图形、统计、跑龙套,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,Rsamtools,Biobase,Biostrings,BiocGenerics,rtracklayerggplot2 gridExtra,徒劳的。记录器、VGAM、工具、方法、mclustrhdf5,矩阵
链接
建议	BiocParallel,BiocStylePSCBS R.utils,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,copynumber,knitr covr optparse,org.Hs.eg.dbjsonlite减价,rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了	genomicsdb (> = 0.0.3)
URL	https://github.com/lima1/PureCN
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PureCN_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	PureCN_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	PureCN_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PureCN_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PureCN
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PureCN/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
包下载报告	下载数据