PathoStat

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathoStat

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PathoStat。

PathoStat统计微生物分析包

Bioconductor版本:3.16

这个包的目的是执行统计微生物宏基因组测序结果分析数据样本。特别是,它支持分析PathoScope生成报告文件。PathoStat提供各种功能包括相对丰度图、多样性和情节估计,微分丰富,测试时间序列可视化、和核心OTU分析。

作者:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >,马修Bendall < Bendall gwmail.gwu.edu >,桑德罗Valenzuela Diaz < sandrolvalenzuelad gmail.com >,爱德华多·卡斯特罗< castronallar gmail.com >,泰勒的< tfaits gmail.com >、悦赵< jasonzhao0307 gmail.com >,安东尼·尼古拉斯费德里科•<曾帮工bu.edu > w·埃文约翰逊< wej bu.edu >

维修工:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >、悦赵< jasonzhao0307 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PathoStat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PathoStat”)

HTML	R脚本	PathoStat介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,ImmunoOncology,宏基因组,微阵列,微生物组,PatternLogic,PrincipalComponent,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5)
进口	limma,matrixStats corpcor reshape2尺度,ggplot2, rentrez, DT, tidyr, plyr, dplyr,phyloseq、闪亮的属性、方法、XML图形,跑龙套,BiocStyle,刨边机,DESeq2,ComplexHeatmap、阴谋、webshot素食,shinyjs glmnet, gmodels, ROCR, RColorBrewer, knitr, devtools,猿
链接
建议	rmarkdown, testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mani2012/PathoStat
BugReports	https://github.com/mani2012/PathoStat/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PathoStat_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	PathoStat_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	PathoStat_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	PathoStat_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathoStat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PathoStat
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PathoStat/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathoStat/
包下载报告	下载数据