Macarron

DOI:10.18129 / B9.bioc.Macarron

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Macarron。

从流行病学和环境优先级具有潜在生物活性的代谢功能代谢组学数据集

Bioconductor版本:3.16

Macarron优先级是一个工作流的潜在生物活性代谢产物的代谢组学实验。优先级集成优势证据相关变异等生物活性的代谢物,丰度相对于一个已知的代谢物和协会环境或生物活性的表型指标。广泛,工作流包括分层聚类的代谢谱特性共同在一个条件丰富,转移功能注释,估计的相对丰度和微分丰度分析来识别功能和表型/条件之间的关联。

作者:Amrisha Bhosle (aut),路德维希Geistlinger (aut) Sagun Maharjan (aut (cre)

维护人员:Sagun Maharjan < sagunmaharjann gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Macarron”)

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文档

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HTML	R脚本	Macarron
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,报道,FunctionalPrediction,代谢组学,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),SummarizedExperiment
进口	BiocParallel,DelayedArrayWGCNA ff,数据。表、dynamicTreeCutMaaslin2plyr统计,心理、xml2 RCurl, RJSONIO,日志记录方法,跑龙套
链接
建议	knitr,BiocStyle、optparse testthat(> =魅惑,rmarkdown减价
SystemRequirements
增强了
URL	http://huttenhower.sph.harvard.edu/macarron
BugReports	https://forum.biobakery.org/c/microbial-community-profiling/macarron
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Macarron_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	Macarron_1.1.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Macarron_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Macarron_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Macarron
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Macarron
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Macarron/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Macarron/
包下载报告	下载数据