MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MADSEQ

马赛克异倍性检测和量化使用大规模并行测序数据

Bioconductor版本:3.16

MADSEQ包提供了一组分层Bayeisan模型检测的马赛克非整倍性,推理类型的非整倍体和非整倍体的量化分数的细胞样本。

作者:于香港,亚当Auton约翰·默里Greally

维护人员:于香港<玉。香港在phd.einstein.yu.edu >

从内部引用(R,回车引用(“MADSEQ”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MADSEQ”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MADSEQ”)

HTML R脚本 R包MADSEQ
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 贝叶斯,CopyNumberVariation,报道,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,VariantDetection
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0), rjags (> = 4.6)
进口 coda VGAM,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,S4Vectors、方法、preprocessCore,GenomicAlignments,Rsamtools,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,rtracklayer、图表、数据、grDevices跑龙套,zlibbioc,vcfR
链接
建议 knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MADSEQ_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 MADSEQ_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) MADSEQ_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) MADSEQ_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MADSEQ
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MADSEQ/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MADSEQ/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网