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MADSEQ
DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MADSEQ。
马赛克异倍性检测和量化使用大规模并行测序数据
Bioconductor版本:3.16
MADSEQ包提供了一组分层Bayeisan模型检测的马赛克非整倍性,推理类型的非整倍体和非整倍体的量化分数的细胞样本。
作者:于香港,亚当Auton约翰·默里Greally
维护人员:于香港<玉。香港在phd.einstein.yu.edu >
从内部引用(R,回车引用(“MADSEQ”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MADSEQ”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MADSEQ”)
| HTML | R脚本 | R包MADSEQ |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 贝叶斯,CopyNumberVariation,报道,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,VariantDetection |
| 版本 | 1.24.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.5.0), rjags (> = 4.6) |
| 进口 | coda VGAM,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,S4Vectors、方法、preprocessCore,GenomicAlignments,Rsamtools,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,rtracklayer、图表、数据、grDevices跑龙套,zlibbioc,vcfR |
| 链接 | |
| 建议 | knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ykong2/MADSEQ |
| BugReports | https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MADSEQ_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MADSEQ_1.24.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | MADSEQ_1.24.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | MADSEQ_1.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MADSEQ |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MADSEQ/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MADSEQ/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
