GenomicOZone

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicOZone

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicOZone。

描绘杰出的基因组区域差异基因的活动

Bioconductor版本:3.16

包集群基因活动沿着染色体区域,检测微分区优秀,可视化的地图突出整个基因组区域。它使表征影响多个基因适应性基因组内的社区,这可能源于基因组重组,表观基因组结构变异,或变更。它保证集群最优线性运行时样本大小,和再现性。一个可以应用在全基因组拷贝数等活动的测量,转录组、蛋白质组学和甲基化数据。

作者:钟华,明州的歌

维修工:明州歌钟华< zh9118 gmail.com > < joemsong cs.nmsu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicOZone”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicOZone”)

HTML	R脚本	GenomicOZone
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,CopyNumberVariation,报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,遗传学,GenomicVariation,RNASeq,回归,测序,软件,StructuralVariation,SystemsBiology,转录,转录组,可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0.0), Ckmeans.1d。安装dp (> = 4.3.0),GenomicRanges,biomaRt,ggplot2
进口	grDevices stats,跑龙套,plyr gridExtra,光敏电阻,平行,ggbio,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Rdpack
链接
建议	readxl,GEOquery、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicOZone_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicOZone_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicOZone_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GenomicOZone_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicOZone
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicOZone
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicOZone/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicOZone/
包下载报告	下载数据