GenomicFiles

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFiles

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFiles

分布式计算文件或范围

Bioconductor版本:3.16

这个包提供了并行计算的分布式基础设施“按文件”或“的范围”。用户定义的映射器和减速机功能提供额外的数据组合和操作的灵活性。

作者:Bioconductor包维护者(aut (cre),瓦莱丽Obenchain (aut),迈克尔·爱(aut), Lori牧羊人(aut),马丁·摩根(aut)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“GenomicFiles”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicFiles”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicFiles”)

PDF R脚本 介绍GenomicFiles
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 阅读从BAM文件——第2部分

细节

biocViews 报道,DataImport,遗传学,基础设施,测序,软件
版本 1.34.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(9年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.1.0)、方法BiocGenerics(> = 0.11.2),MatrixGenerics,GenomicRanges(> = 1.31.16),SummarizedExperiment,BiocParallel(> = 1.1.0),Rsamtools(> = 1.17.29),rtracklayer(> = 1.25.3)
进口 GenomicAlignments(> = 1.7.7),IRanges,S4Vectors(> = 0.9.25),VariantAnnotation(> = 1.27.9),GenomeInfoDb
链接
建议 BiocStyleRUnit,genefilter,deepSNV,snpStats,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Biostrings,Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 erma
进口我 CAGEfightR,contiBAIT,derfinder,QuasR,Rqc,VCFArray
建议我 ldblock,MungeSumstats,TFutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 GenomicFiles_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicFiles_1.34.0.zip
macOS二进制(x86_64) GenomicFiles_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64) GenomicFiles_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFiles
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicFiles
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomicFiles/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicFiles/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网