GenVisR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenVisR

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenVisR。

在R基因可视化

Bioconductor版本:3.16

主要生产高度可定制的出版质量基因组数据的图形在队列级别。

作者:圣扎迦利斯基德莫尔(aut (cre),亚历克斯·瓦格纳(aut)罗伯特·Lesurf (aut),凯蒂·坎贝尔(aut),杰森Kunisaki (aut), Obi格里菲斯(aut),玛拉基书格里菲斯(aut)

维护人员:扎卡里·斯基德莫尔< zlskidmore gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenVisR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenVisR”)

HTML	R脚本	GenVisR:介绍
HTML	R脚本	可视化小变异
HTML	R脚本	瀑布:功能介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,DNASeq,DataRepresentation,基础设施,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R(> = 3.3.0)方法
进口	AnnotationDbi,biomaRt(> = 2.45.8),BiocGenerics,BiostringsDBI,GenomicFeatures,GenomicRanges(> = 1.25.4)ggplot2(> =魅惑,gridExtra (> = 2.0.0) gtable, gtools,IRanges(> = 2.7.5)plyr (> = 1.8.3) reshape2,Rsamtools、音阶、viridis data.table,BSgenome,GenomeInfoDb,VariantAnnotation
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RMySQL knitr roxygen2 testthat,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,vdiffr rmarkdown formatR,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/griffithlab/GenVisR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenVisR_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	GenVisR_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenVisR_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GenVisR_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenVisR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenVisR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenVisR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenVisR/
包下载报告	下载数据