EpiMix

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiMix

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EpiMix。

EpiMix:一个综合的群体分析DNA甲基化的工具

Bioconductor版本:3.16

EpiMix是一个全面的工具,用于高通量DNA甲基化数据的综合分析和基因表达数据。EpiMix使自动数据下载(从TCGA或地理),预处理,甲基化建模、交互可视化和功能注释。识别不足或hypermethylated CpG网站在生理或病理条件下,EpiMix使用β混合建模来标识每个CpG甲基化状态的调查,比较实验组与对照组的甲基化。EpiMix的输出是预测功能性DNA甲基化的基因表达。EpiMix包含专门的算法来识别功能的DNA甲基化在不同遗传元素,包括近端编码蛋白质的基因,基因工程中的远端增强子和基因编码小分子核糖核酸和lncRNAs。

作者:郑元(aut (cre),约翰•小君(aut) Olivier Gevaert (aut)

维修工:郑元< eric2021 stanford.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EpiMix”)

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文档

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细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,预处理,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),EpiMix.data(> = 0.99.2)
进口	AnnotationHub,AnnotationDbi,Biobase,biomaRt、数据。下载器,表、doParallel doSNOW dplyr,ELMER.data,ExperimentHubforeach,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,GEOquery,图形ggplot2 grDevices,嫁祸于,IRanges,limma、方法、并行plyr、进步、R。matlab、RColorBrewer RCurl、rlang RPMM,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment宠物猫,tidyr跑龙套
链接
建议	BiocStyle,clusterProfiler,karyoploteRknitr,org.Hs.eg.db,地区、修拉、生存、survminerTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneRUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/gevaertlab/EpiMix/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EpiMix_1.0.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	EpiMix_1.0.1.tgz
macOS二进制(arm64)	EpiMix_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiMix
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EpiMix
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EpiMix/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EpiMix/
包下载报告	下载数据