EnrichedHeatmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnrichedHeatmap

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EnrichedHeatmap。

使丰富的热图

Bioconductor版本:3.16

丰富的热图是一种特殊类型的热图浓缩的可视化基因信号在特定目标区域。在这里我们实现丰富的热图ComplexHeatmap包。因为这种类型的热图只是一个正常的热图但通过一些特殊的设置,与ComplexHeatmap的功能,这将是更容易定制的热图以及连接的列表的热图显示不同数据源之间的协调。

作者:Zuguang Gu (aut (cre)

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EnrichedHeatmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EnrichedHeatmap”)

HTML	R脚本	1。使丰富的热图
HTML	R脚本	2。可视化分类信号
HTML	R脚本	3所示。行排序方法比较
HTML	R脚本	4所示。数据集的可视化综合协会路线图
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,GenomeAnnotation,测序,软件,可视化
版本	1.28.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R(> = 3.6.0)、方法、网格,ComplexHeatmap(> = 2.11.0),GenomicRanges
进口	统计,matrixStats GetoptLong Rcpp,跑龙套,locfit, circlize (> = 0.4.5),IRanges
链接	Rcpp
建议	testthat (> = 0.3), knitr减价,rmarkdown,genefilter,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/EnrichedHeatmap
取决于我
进口我	extraChIPs,profileplyr
建议我	ComplexHeatmap,epistack,InteractiveComplexHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EnrichedHeatmap_1.28.1.tar.gz
Windows二进制	EnrichedHeatmap_1.28.1.zip
macOS二进制(x86_64)	EnrichedHeatmap_1.28.1.tgz
macOS二进制(arm64)	EnrichedHeatmap_1.28.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnrichedHeatmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EnrichedHeatmap
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EnrichedHeatmap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EnrichedHeatmap/
包下载报告	下载数据