ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPpeakAnno。

批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:3.16

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包。

作者:丽华朱莉·朱Jianhong Ou,小君,凯,叫海波Liu Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森瑞恩•汤普森大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPpeakAnno”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChIPchip,软件
版本	3.32.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(13.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5),方法,IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.47.6)、DBI dplyr,ensembldb,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,RBGL,Rsamtools,SummarizedExperiment维恩图,biomaRtggplot2 grDevices,图、图形、网格InteractionSet,KEGGRESTmatrixStats,乘,地区,rtracklayer统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,BSgenome,limma,reactome.dbBiocManager,BiocStyle,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,DelayedArray,seqinr印尼盾EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,GO.db,UpSetR gplots knitr、rmarkdown testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	REDseq,火神
进口我	ATACseqQC,DEScan2,GUIDEseq
建议我	chipseqDB,R3CPET,seqsetvis
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPpeakAnno_3.32.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.32.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ChIPpeakAnno_3.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ChIPpeakAnno_3.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPpeakAnno
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ChIPpeakAnno/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告	下载数据