CellMixS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellMixS

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CellMixS。

评估Cellspecific混合

Bioconductor版本:3.16

CellMixS提供指标和功能评估批效果、数据集成和批量效应校正与单个细胞单细胞trancriptome数据分辨率。结果可以可视化和总结在不同的水平,如细胞,celltype或数据集的水平。

作者:Almut Lutge (aut (cre)

维护人员:Almut Lutge < Almut。在uzh.ch luetge >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellMixS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	探索数据集成和批处理的效果
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文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	kSamples R (> = 4.0)
进口	BiocNeighborsggplot2,嘘、冬青、cowplotSummarizedExperiment,SingleCellExperiment,magrittr tidyr dplyr ggridges,统计,purrr,方法,BiocParallel,BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat,limma,Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almutlue/CellMixS
BugReports	https://github.com/almutlue/CellMixS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellMixS_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CellMixS_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CellMixS_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CellMixS_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellMixS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellMixS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CellMixS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellMixS/
包下载报告	下载数据