BloodGen3Module

DOI:10.18129 / B9.bioc.BloodGen3Module

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BloodGen3Module。

这个R包执行模块曲目分析并生成指纹表征

Bioconductor版本:3.16

BloodGen3Module包提供函数R曲目分析和生成指纹表征用户执行模块。函数可以执行组比较或单个样品分析和可视化的指纹网格图或指纹的热图。模块曲目分析通常涉及确定每个模块的组成型基因的比例明显增加或减少。正如我们在细节描述;https://www.biorxiv.org/content/10.1101/525709v2和https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33624743/,模块曲目分析的结果可以用指纹格式表示,在红色和蓝色斑点显示模块活动的增加或减少。这些斑点是随后表示在一个网格,每个位置被分配到一个给定的模块,或在一个热图,样品被安排在列和行中的模块。

作者:Darawan Rinchai (aut (cre)

维护人员:Darawan Rinchai < drinchai gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BloodGen3Module”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BloodGen3Module”)

HTML	R脚本	BloodGen3Module:模块化曲目分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	SummarizedExperiment,ExperimentHub、方法、网格图形、统计、grDevices, circlize, testthat,ComplexHeatmap(> = 1.99.8)ggplot2、matrixStats gtools, reshape2,preprocessCorerandomcoloR V8,limma
链接
建议	RUnit devtools,BiocGenerics、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BloodGen3Module_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	BloodGen3Module_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BloodGen3Module_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BloodGen3Module_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BloodGen3Module
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BloodGen3Module
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BloodGen3Module/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BloodGen3Module/
包下载报告	下载数据