感谢

doi：10.18129/b9.bioc.appreci8r

这是发展版本的thressi8r;对于稳定版本，请参阅感谢。

GENSI8R：用于过滤SNV和具有高灵敏度和高PPV的短插入的R/bioconductor套件

生物导体版本：开发（3.16）

tonvi8r是我们的thressi8 -algorithm的R版本 - 用于精确变体的管道，调用了集成8个工具。我们的标准欣赏工具（GATK，PLTYPUS，VARSCAN，FREEBAYES，LOFREQ，SNVER，SNVER，SAMTOOLS和VARDICT）的变体调用结果，以及最多5个其他工具。

作者：莎拉·桑德曼

维护者：莎拉·桑德曼（Sarah Sandmann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ tempiy8r”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ thressi8r”）

PDF	R脚本	使用升值8r
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	遗传因素，，，，SNP，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出
版本	1.15.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	LGPL-3
要看
进口	闪亮的，，，，Shinyjs，，，，DT，，，，变体，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，同性恋，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，RSNP，，，，生物弦，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.hs37d5，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5，，，，宇宙67，，，，Rentrez，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，sift.hsapiens.dbsnp137，，，，seqinr，，，，OpenXLSX，，，，rsamtools，，，，Stringr，utils，统计，基因组机，，，，S4VECTORS，，，，GenomicFeatures，，，，iranges，，，，GenomicsCores，，，，总结性特征
链接
建议	go.db，，，，org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	thressi8r_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	thressi8r_1.15.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	thressi8r_1.15.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/appreci8r
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/thressi8r
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/appreci8r/
软件包下载报告	下载统计