Bioconductor版本:版本(3.16)
amplican执行扩增子的对齐的读取,实现收集数据规范化,计算多个统计(如降息、转移)和呈现在形式的汇总报告。由实验数据和统计数据可以分解,条形码,用户定义的组织、指导和扩增子允许快速识别潜在的问题。
作者:Kornel Labun (aut),大船瓦伦(cph, cre)
维护人员:瓦伦大船<大船。瓦伦gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“amplican”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“amplican”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“amplican”)
HTML | amplican常见问题解答 | |
HTML | R脚本 | amplican概述 |
HTML | R脚本 | 例子amplicon_report报告 |
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HTML | R脚本 | 例子group_report报告 |
HTML | R脚本 | 例子guide_report报告 |
HTML | R脚本 | 例子id_report报告 |
HTML | R脚本 | 例子指数报告 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,CRISPR,ImmunoOncology,软件,技术,qPCR |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4-3) |
进口 | Rcpputils (> = 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(> = 1.2.0),数据(> = 3.4.1),matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写 |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat,BiocStyle,GenomicAlignments |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/valenlab/amplican |
BugReports | https://github.com/valenlab/amplican/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | amplican_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | amplican_1.20.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | amplican_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | amplican_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ amplican |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/amplican/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/ |
包下载报告 | 下载数据 |