VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

这是发展VariantTools版本;稳定的发布版本,请参阅VariantTools。

探索性分析工具变量调用

Bioconductor版本:发展(3.16)

探索,诊断,并比较不同调用使用过滤器。

作者:迈克尔·劳伦斯,耶利米Degenhardt,罗伯特先生

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“VariantTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VariantTools”)

PDF	R脚本	介绍VariantTools
PDF		包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability,遗传学,测序,软件
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(> = 1.11.16)方法
进口	Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenerics,Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵,rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallel,GenomeInfoDb,BSgenome,Biobase
链接
建议	RUnit,LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL,图,gmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	HTSeqGenie,MMAPPR2
建议我	VariantToolsData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VariantTools_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	VariantTools_1.39.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
包下载报告	下载数据