VariantExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantExperiment

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantExperiment。

RangedSummarizedExperiment容器与GDS VCF / GDS数据后端

Bioconductor版本:3.16

VariantExperiment是Bioconductor VCF / GDS格式保存数据的打包成RangedSummarizedExperiment对象。高通量基因/基因组数据保存在GDSArray对象。注释的数据特性/样品保存在DelayedDataFrame格式与mono-dimensional GDSArray每一列。试验数据和注释的磁盘上表示数据实现磁盘读取和处理,大大节省了内存空间。RangedSummarizedExperiment的接口数据格式使简单和常见的高通量基因操作/基因组数据与普通R和Bioconductor SummarizedExperiment隐喻。

作者:钱氏(aut (cre), Herve页(aut),马丁·摩根(aut)

维护人员:钱氏<钱。刘:roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VariantExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VariantExperiment”)

HTML	R脚本	VariantExperiment-class
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataRepresentation,GenomeAnnotation,GenotypingArray,基础设施,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0),S4Vectors(> = 0.21.24),SummarizedExperiment(> = 1.13.0),GenomicRanges
进口	GDSArray(> = 1.11.1),DelayedDataFrame(> = 1.6.0)、工具、跑龙套,属性,方法,gdsfmt,SNPRelate,SeqArray,SeqVarTools,DelayedArray,Biostrings,IRanges
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment
BugReports	https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VariantExperiment_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	VariantExperiment_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	VariantExperiment_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VariantExperiment_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VariantExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantExperiment/
包下载报告	下载数据