VariantAnnotation
DOI:
10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantAnnotation。
注释的基因变异
Bioconductor版本:3.16
注释变异,计算编码氨基酸的变化,预测编码的结果。
作者:Bioconductor包维护者(aut (cre),瓦莱丽Oberchain (aut),马丁•摩根(aut)迈克尔·劳伦斯(aut),斯蒂芬妮Gogarten(施)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“VariantAnnotation”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VariantAnnotation”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“VariantAnnotation”)
细节
| biocViews |
注释,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation |
| 版本 |
1.44.1 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 4.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.37.0),MatrixGenerics,GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5),Rsamtools(> = 1.99.0) |
| 进口 |
DBI跑龙套,zlibbioc,Biobase,S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2),Biostrings(> = 2.57.2),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3) |
| 链接 |
S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings,Rhtslib(> = 1.99.3) |
| 建议 |
RUnit,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStatsggplot2,BiocStyle |
| SystemRequirements |
GNU使 |
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
注释,CNVrd2,deepSNV,ensemblVEP,genotypeeval,HelloRanges,HTSeqGenie,myvariant,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,PureCN,R453Plus1Toolbox,RareVariantVis,seqCAT,测序,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,签名者,SomaticSignatures,StructuralVariantAnnotation,svaNUMT,VariantFiltering,变体,VariantTools,VariantToolsData |
| 进口我 |
AllelicImbalance,APAlyzer,appreci8R,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,biscuiteer,cardelino,CNVfilteR,CopyNumberPlots,COSMIC.67,crisprDesign,customProDB,DAMEfinder,decompTumor2Sig,DominoEffect,epialleleR,fcScan,GA4GHclient,genbankr,GenomicFiles,GenVisR,ggbio,gmapR,gwascat,gwasurvivr,icetea,igvR,karyoploteR,katdetectr,lineagespot,MADSEQ,MMAPPR2,motifbreakR,MungeSumstats,musicatk,MutationalPatterns,ProteoDisco,scoreInvHap,SigsPack,SNPhood,svaRetro,TitanCNA,tLOH,TVTB,Uniquorn,VCFArray,XCIR,YAPSA |
| 建议我 |
AnnotationHub,AshkenazimSonChr21,BiocParallel,cellbaseR,CNVgears,CrispRVariants,GenomicDataCommons,GenomicRanges,GenomicScores,GeuvadisTranscriptExpr,GWASTools,ldblock,omicsPrint,podkat,旅游房车,SeqArray,飞溅,supersigs,systemPipeR,trackViewer,三人组,vtpnet |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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