VCFArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.VCFArray

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VCFArray。

将磁盘/远程VCF文件表示为类数组对象

Bioconductor版本:3.16

VCFArray扩展了DelayedArray代表VCF数据条目数组类对象与磁盘/远程VCF文件作为后端。数据条目从VCF文件,包括信息字段,字段的格式,和固定的列(REF, ALT、定性、过滤器)可以被转换成VCFArray实例具有不同维度。

作者:钱氏(aut (cre),马丁·摩根(aut)

维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VCFArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VCFArray”)

HTML	R脚本	VCFArray: DelayedArray对象与磁盘/远程VCF后端
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,基础设施,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.6),方法,BiocGenerics,DelayedArray(> = 0.7.28)
进口	工具,GenomicRanges,VariantAnnotation(> = 1.29.3),GenomicFiles(> = 1.17.3),S4Vectors(> = 0.19.19),Rsamtools
链接
建议	SeqArray,BiocStyle,testthat BiocManager knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/VCFArray
BugReports	https://github.com/Liubuntu/VCFArray/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VCFArray_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	VCFArray_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	VCFArray_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VCFArray_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VCFArray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VCFArray
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VCFArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VCFArray/
包下载报告	下载数据