Ularcirc

DOI:10.18129 / B9.bioc.Ularcirc

用于规范和反向剪接分析(即圆形和mRNA分析)的闪亮应用程序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Ularcirc读取STAR对齐的拼接结文件,并为拼接分析提供可视化和分析工具。用户可以评估反向连接和正向规范连接。

作者:David Humphreys [aut, cre]

维护者:David Humphreys

引文(从R内,输入引用(“Ularcirc”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Ularcirc”)

超文本标记语言 R脚本 Ularcirc
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing注释报道DataRepresentationDifferentialSplicing遗传学测序软件可视化
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(4.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 AnnotationHubAnnotationDbiBiocGenericsBiostringsBSgenomedata.table(> = 1.9.4),DTGenomicFeaturesGenomeInfoDbGenomeInfoDbDataGenomicAlignmentsGenomicRangesggplot2ggrepelgsubfnmirbase.db时刻Organism.dplyrplotgardenerR.utilsS4Vectors闪亮的shinydashboardshinyFilesshinyjsyaml
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38BiocStylehttpuvknitrorg.Hs.eg.dbrmarkdownTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

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源包 Ularcirc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 Ularcirc_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) Ularcirc_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) Ularcirc_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Ularcirc
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Ularcirc
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Ularcirc/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Ularcirc/
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