UMI4Cats

DOI:10.18129 / B9.bioc.UMI4Cats

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅UMI4Cats。

UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化

Bioconductor版本:3.16

UMI-4C是一种技术,允许3 d染色质交互的描述感兴趣的诱饵,利用声波降解法一步生产独特的分子标识符(umi)有助于消除重复偏差,从而允许一个更好的微分学染色质之间的交互情况。这个包允许UMI-4C处理数据,从FastQ文件排序提供的设施。它提供了两种统计方法检测微分接触和包括一个可视化功能从UMI-4C情节综合信息分析。

作者:Mireia Ramos-Rodriguez (aut (cre)马克•Subirana-Granes (aut),洛伦佐Pasquali (aut)

维护人员:Mireia Ramos-Rodriguez < mireiarr9 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“UMI4Cats”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“UMI4Cats”)

HTML	R脚本	分析与UMI4Cats UMI-4C数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,归一化,预处理,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment
进口	魔法、cowplot尺度,GenomicRanges,ShortRead、动物园、ggplot2 reshape2,地区,IRanges,S4Vectorsmagrittr dplyr,BSgenome,Biostrings,DESeq2R.utils,Rsamtoolsstringr,Rbowtie2、方法、GenomeInfoDb,GenomicAlignmentsRColorBrewer跑龙套,grDevices,统计数据,org.Hs.eg.db,注释,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenerlang,GenomicFeatures,BiocFileCache,fda rappdirsBiocGenerics
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19、tidyr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats
BugReports	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	UMI4Cats_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	UMI4Cats_1.8.1.zip
macOS二进制(x86_64)	UMI4Cats_1.8.1.tgz
macOS二进制(arm64)	UMI4Cats_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UMI4Cats
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ UMI4Cats
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/UMI4Cats/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/UMI4Cats/
包下载报告	下载数据