- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- TitanCNA
TitanCNA
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.TitanCNA
肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测
Bioconductor版本:发行版(3.16)
隐马尔可夫模型用于分割和预测亚克隆拷贝数改变(CNA)和杂合性缺失(LOH)的区域，并估计肿瘤全基因组测序数据中克隆簇的细胞患病率。
作者:Gavin Ha
维护者:Gavin Ha
引文(从R内，输入引用(“TitanCNA”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TitanCNA”)
| R脚本 | TitanCNA.pdf | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation，DNASeq，ExomeSeq，遗传学，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，测序，软件，StatisticalMethod，WholeGenome |
| 版本 | 1.36.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(9年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5.1) |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.31.6),IRanges(> = 2.6.1),GenomicRanges(> = 1.24.3),VariantAnnotation(> = 1.18.7),foreach(> = 3),GenomeInfoDb(> = 1.8.7),data.table(> = 1.10.4),dplyr(> = 0.5.0) |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/gavinha/TitanCNA |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TitanCNA_1.36.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TitanCNA_1.36.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | TitanCNA_1.36.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TitanCNA_1.36.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TitanCNA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TitanCNA |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TitanCNA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TitanCNA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
