Timirgen
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.timirgen
这是发展Timirgen的版本；对于稳定版本，请参阅Timirgen。
时间敏感的microRNA-mRNA集成，分析和网络生成工具
生物导体版本：开发（3.16）
Timirgen（Time Incorpated miR-MRNA的网络生成）是一个新型的R包，它可以在功能上分析和整合时间过程miRNA-MRNA差异表达数据。该工具可以在r或导出结果中生成小型网络，从而在Cytoscape或Pathvisio中产生更详细的网络构建和假设的产生。该工具是为希望深入到时间序列多OMIC数据集的研究人员创建的。在减少数据方面，Timirgen比许多其他工具更进一步。在这里，在整个时间过程中，可能会将数十万个潜在的miRNA-mRNA相互作用降低为少数高置信度miRNA-mRNA相互作用，影响信号通路。
作者：Krutik Patel [AUT，CRE]
维护者：krutik patel
引用（从r内，输入引用（“ Timirgen”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（timirgen“）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Timirgen”）
| html | R脚本 | Timirgen |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 聚类，，，，网络，，，，途径，，，，软件，，，，时间科，，，，可视化，，，，mirna |
| 版本 | 1.7.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 4.1），mfuzz，，，，多亚sayExexperiment |
| 进口 | Biomart，，，，clusterProfiler，，，，dplyr（> = 0.8.4），freqprof，，，，gtools（> = 3.8.1），GPLOTS，，，，ggdendro，，，，gghighlight，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，Igraph（> = 1.2.4.2），RCY3，，，，readxl，，，，RESHAPE2，，，，rwikipathways，，，，秤，统计花花公子（> = 1.0.2），Stringr（> = 1.4.0） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物管理器，，，，KableExtra，，，，尼特（> = 1.27），org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，测试，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/krutik6/timirgen/ |
| BugReports | https://github.com/krutik6/timirgen/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | timirgen_1.7.0.tar.gz |
| Windows二进制 | timirgen_1.7.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | timirgen_1.7.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/timirgen |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/timirgen |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/timirgen/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
