Timirgen

doi:10.18129/b9.bioc.timirgen

这是发展Timirgen的版本;对于稳定版本,请参阅Timirgen

时间敏感的microRNA-mRNA集成,分析和网络生成工具

生物导体版本:开发(3.16)

Timirgen(Time Incorpated miR-MRNA的网络生成)是一个新型的R包,它可以在功能上分析和整合时间过程miRNA-MRNA差异表达数据。该工具可以在r或导出结果中生成小型网络,从而在Cytoscape或Pathvisio中产生更详细的网络构建和假设的产生。该工具是为希望深入到时间序列多OMIC数据集的研究人员创建的。在减少数据方面,Timirgen比许多其他工具更进一步。在这里,在整个时间过程中,可能会将数十万个潜在的miRNA-mRNA相互作用降低为少数高置信度miRNA-mRNA相互作用,影响信号通路。

作者:Krutik Patel [AUT,CRE]

维护者:krutik patel

引用(从r内,输入引用(“ Timirgen”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(timirgen“)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Timirgen”)

html R脚本 Timirgen
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 聚类,,,,网络,,,,途径,,,,软件,,,,时间科,,,,可视化,,,,mirna
版本 1.7.0
在生物导体中 Bioc 3.12(R-4.0)(1。5年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 4.1),mfuzz,,,,多亚sayExexperiment
进口 Biomart,,,,clusterProfiler,,,,dplyr(> = 0.8.4),freqprof,,,,gtools(> = 3.8.1),GPLOTS,,,,ggdendro,,,,gghighlight,,,,GGPLOT2,图形,grdevices,Igraph(> = 1.2.4.2),RCY3,,,,readxl,,,,RESHAPE2,,,,rwikipathways,,,,,统计花花公子(> = 1.0.2),Stringr(> = 1.4.0)
链接
建议 生物管理器,,,,KableExtra,,,,尼特(> = 1.27),org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,测试,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL https://github.com/krutik6/timirgen/
BugReports https://github.com/krutik6/timirgen/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 timirgen_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 timirgen_1.7.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) timirgen_1.7.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/timirgen
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/timirgen
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/timirgen/
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