这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TFBSTools。
Bioconductor版本:3.16
TFBSTools包为转录因子结合位点的分析和操作。它包括矩阵之间的转换位置频率Matirx (PFM),位置重量Matirx (PWM)和信息内容矩阵(ICM)。它还可以从序列扫描假定的TFBS /对齐,查询JASPAR数据库和新创主题发现软件提供了一个包装器。
作者:通用电气Tan (aut (cre)
维护人员:通用电气Tan < ge_tan live.com >
从内部引用(R,回车引用(“TFBSTools”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFBSTools”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TFBSTools”)
HTML | R脚本 | 转录因子结合位点(TFBS)分析“TFBSTools”包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件,转录 |
版本 | 1.36.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.2.2) |
进口 | Biobase(> = 2.28),Biostrings(> = 2.36.4),BiocGenerics(> = 0.14.0),BiocParallel(> = 1.2.21),BSgenome(> = 1.36.3)caTools (> = 1.17.1),cn(> = 1.4.0),DirichletMultinomial(> = 1.10.0),GenomeInfoDb(> = 1.6.1),GenomicRanges(> = 1.20.6)gtools(> = 3.5.0),网格,IRanges(> = 2.2.7)、方法DBI (> = 0.6), RSQLite (> = 1.0.0),rtracklayer(> = 1.28.10),seqLogo(> = 1.34.0),S4Vectors(> = 0.9.25)TFMPvalue (> = 0.0.5), XML (> = 3.98 - -1.3),XVector(> = 0.8.0)平行 |
链接 | |
建议 | BiocStyle(> = 1.7.7),JASPAR2014(> = 1.4.0)knitr (> = 1.11), testthat,JASPAR2016(> = 1.0.0),JASPAR2018(> = 1.0.0),rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/ge11232002/TFBSTools |
BugReports | https://github.com/ge11232002/TFBSTools/issues |
取决于我 | |
进口我 | ATACCoGAPS,ATACseqTFEA,chromVAR,enrichTF,esATAC,MatrixRider,蒙娜丽莎,motifmatchr,motifStack,primirTSS,spatzie |
建议我 | CAGEWorkflow,enhancerHomologSearch,GRaNIE,JASPAR2018,JASPAR2020,JASPAR2022,MAGAR,MethReg,网页排名,universalmotif |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | TFBSTools_1.36.0.tar.gz |
Windows二进制 | TFBSTools_1.36.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | TFBSTools_1.36.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | TFBSTools_1.36.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFBSTools |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFBSTools |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TFBSTools/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/ |
包下载报告 | 下载数据 |