SpliceWiz

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpliceWiz

简单，优化，准确的备选拼接分析R

Bioconductor版本:发行版(3.16)

读取和片段对齐到剪接连接可以用来量化可选剪接事件(ASE)。然而，重叠的ase会混淆它们的定量。SpliceWiz量化ase，使用结读计算插入百分比(PSI)，使用基于irfinder的定量计算内含子保留。新型过滤器可以识别相对较少被重叠事件混淆的ase，从而可以以更高的置信度计算psi。SpliceWiz是超快的，使用多线程处理BAM文件。它可以使用图形用户或命令行界面运行。基于gui的差异as交互式可视化，包括新颖的基于组的RNA-seq覆盖可视化，简化了R中的短读RNA-seq分析。

作者:Alex Chit Hei Wong [aut, cre, cph]， Ulf Schmitz [ctb]， William Ritchie [cph]

维护者:Alex Chit Hei Wong

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SpliceWiz”)

超文本标记语言	R脚本	SpliceWiz:快速入门
超文本标记语言	R脚本	SpliceWiz:烹饪书
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GUI，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.0.2中
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，NxtIRFdata
进口	ompBAM，方法，统计，utils，工具，并行，magrittr，Rcpp(> = 1.0.5),data.table，置，ggplot2，AnnotationHub，BiocFileCache，BiocGenerics，BiocParallel，Biostrings，BSgenome，DelayedArray，DelayedMatrixStats，genefilter，GenomeInfoDb，GenomicRanges，HDF5Array，IRanges，进步，情节，R.utils，rhdf5，rtracklayer，SummarizedExperiment，S4Vectors，闪亮的，shinyFiles，shinyWidgets，shinydashboard，rhandsontable，DTgrDevices,的热图，pheatmap，matrixStats，RColorBrewer，XML
链接	ompBAM，Rcpp，zlibbioc，RcppProgress
建议	knitr，rmarkdown，openssl，蜡笔，蛋，DESeq2，limma，DoubleExpSeq，土星，刨边机，Rsubread，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/SpliceWiz
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SpliceWiz_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	SpliceWiz_1.0.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SpliceWiz_1.0.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SpliceWiz_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpliceWiz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpliceWiz
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpliceWiz/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpliceWiz/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档