DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR

这是发展版本的SingleR;稳定版请参见

基于参考的单细胞RNA-Seq注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

根据单细胞RNA测序数据进行无偏倚的细胞类型识别,利用纯细胞类型的参考转录组数据集独立推断每个单细胞的细胞起源。

作者:Dvir Aran [aut, cph], Aaron Lun [ctb, cre], Daniel Bunis [ctb], Jared Andrews [ctb], Friederike Dündar [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

引文(从R内,输入引用(“单”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SingleR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“单”)

超文本标记语言 R脚本 注释scRNA-seq数据
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释分类聚类GeneExpressionSingleCell软件转录组
版本 1.99.2
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 SummarizedExperiment
进口 方法,矩阵S4VectorsDelayedArrayDelayedMatrixStatsBiocParallelBiocSingular,统计,utils,Rcppbeachmat、并行
链接 RcppbeachmatBiocNeighbors
建议 testthatknitrrmarkdownBiocStyleBiocGenericsSingleCellExperiment天窗食物scRNAseqggplot2pheatmapgrDevices,gridExtra冬青celldex
SystemRequirements c++ 17
增强了
URL https://github.com/LTLA/SingleR
BugReports https://support.bioconductor.org/
全靠我 OSCA。先进,OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook
进口我 singleCellTK
建议我 tidySingleCellExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SingleR_1.99.2.tar.gz
Windows二进制 SingleR_1.99.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) SingleR_1.99.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网