单

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR

这是发展版本的SingleR;稳定版请参见单．

基于参考的单细胞RNA-Seq注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

根据单细胞RNA测序数据进行无偏倚的细胞类型识别，利用纯细胞类型的参考转录组数据集独立推断每个单细胞的细胞起源。

作者:Dvir Aran [aut, cph]， Aaron Lun [ctb, cre]， Daniel Bunis [ctb]， Jared Andrews [ctb]， Friederike Dündar [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SingleR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“单”)

超文本标记语言	R脚本	注释scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，分类，聚类，GeneExpression，SingleCell，软件，转录组
版本	1.99.2
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法,矩阵，S4Vectors，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocParallel，BiocSingular，统计，utils，Rcpp，beachmat、并行
链接	Rcpp，beachmat，BiocNeighbors
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，BiocGenerics，SingleCellExperiment，天窗，嘘，食物，scRNAseq，ggplot2，pheatmapgrDevices,gridExtra，冬青，celldex
SystemRequirements	c++ 17
增强了
URL	https://github.com/LTLA/SingleR
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	OSCA。先进,OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	singleCellTK
建议我	tidySingleCellExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SingleR_1.99.2.tar.gz
Windows二进制	SingleR_1.99.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SingleR_1.99.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/
软件包下载报告	下载数据