SigsPack

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigsPack

突变签名估计单样本

Bioconductor版本:版本(3.16)

单样本估计突变特征。暴露已知突变签名估计单样本,基于二次规划算法。引导的输入突变目录提供了稳定的估计这些风险敞口。突变的序列组成的影响上下文可以考虑正常化的目录。

作者:Franziska舒曼< Franziska。舒曼在student.hpi.de >

维护人员:Franziska舒曼< Franziska。舒曼在student.hpi.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SigsPack”)

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HTML	R脚本	介绍SigsPack
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,DNASeq,单核苷酸多态性,软件,SomaticMutation,VariantAnnotation
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	quadprog(> = 1.5 5)、方法Biobase,BSgenome(> = 1.46.0),VariantAnnotation(> = 1.24.5),Biostrings,GenomeInfoDb,GenomicRanges,rtracklayer,SummarizedExperiment、图形数据,跑龙套
链接
建议	IRanges,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bihealth/SigsPack
BugReports	https://github.com/bihealth/SigsPack/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SigsPack_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	SigsPack_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SigsPack_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SigsPack_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigsPack
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SigsPack
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SigsPack/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SigsPack/
包下载报告	下载数据