STdeconvolve

DOI:10.18129 / B9.bioc.STdeconvolve

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅STdeconvolve。

Reference-free程控反褶积的多细胞转录组数据空间解决

Bioconductor版本:3.16

STdeconvolve作为无监督,reference-free方法来推断潜在的程控比例和多细胞内转录资料在像素从空间转录组(ST)的数据集。STdeconvolve基于潜在狄利克雷分配(LDA),生成统计模型在自然语言处理常用的发现潜在的主题文件的集合。在自然语言处理中,给定的单词数矩阵文件,LDA推断单词为每个主题的分布以及分布在每个文档的主题。圣上下文中的数据,给出计算矩阵多细胞基因表达的圣像素,STdeconvolve LDA适用于推断假定的转录概要文件为每个程控和每个程控在每个多细胞的比例代表制圣像素。

作者:布兰登·米勒(aut (cre),让粉丝(aut)

维护人员:布兰登·米勒< bmille79 jh.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“STdeconvolve”)

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文档

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HTML	R脚本	STdeconvolve装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,GeneExpression,RNASeq,软件,空间,转录组,可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	topicmodels,BiocParallel、矩阵、方法mgcv、ggplot2 scatterpie,冬青,大满贯,统计,线索,狮虎,reshape2,图形,grDevices跑龙套
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat rmarkdown rcmdcheck、gplots gridExtra,散列,dplyr,平行
SystemRequirements
增强了
URL	https://jef.works/STdeconvolve/
BugReports	https://github.com/JEFworks-Lab/STdeconvolve/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	STdeconvolve_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	STdeconvolve_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	STdeconvolve_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	STdeconvolve_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STdeconvolve
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ STdeconvolve
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/STdeconvolve/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STdeconvolve/
包下载报告	下载数据