SNPhood

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPhood

SNPhood:调查,量化和可视化snp的外遗传性附近使用门店数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

到目前为止,成千上万的单核苷酸多态性(snp)发现与复杂的特征和疾病相关。然而,绝大多数的这些变异单核苷酸多态性位于非编码基因的一部分,并可能会影响监管元素,如增强剂和推动者,而不是一个蛋白质的功能。因此,了解遗传性状的分子机制和疾病,研究变得日益重要的影响SNP在附近分子特征如染色质环境或转录因子(TF)绑定。朝着这一目标,我们开发了SNPhood,用户友好的* Bioconductor * R包调查和可视化的本地社区的一组感兴趣的snp门店数据如染色质标记或转录因子结合位点ChIP-Seq或RNA - Seq实验。SNPhood由一组易于使用的函数提取、规范化和总结阅读基因组区域,执行各种数据质量检查,正常使用额外的输入文件,读取计算集群和可视化区域根据绑定模式。周围的地区每个SNP可以被用户定义的方式,允许广泛的分析模式以及特定绑定的详细调查的形状。此外,SNPhood支持与基因型信息集成研究和可视化genotype-specific绑定模式。最后,SNPhood可以用于确定,调查,和可视化allele-specific绑定模式感兴趣的snp。

作者:基督教阿诺德(aut (cre) Pooja Bhat (aut),朱迪思Zaugg (aut)

维护人员:基督教阿诺德<基督教。阿诺德在embl.de >

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPhood”)

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HTML	R脚本	介绍和方法论的细节
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细节

biocViews	软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges,Rsamtools,data.table,使彻底失败
进口	DESeq2,集群,ggplot2,晶格,GenomeInfoDb,BiocParallel,VariantAnnotation,BiocGenerics,IRanges、方法、SummarizedExperiment,RColorBrewer,BiostringsgrDevices,gridExtra、统计数据、网格跑龙套,reshape2,尺度,S4Vectors
链接
建议	BiocStyle,knitr,pryr,rmarkdown,SNPhoodData,corrplot
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood
BugReports	christian.arnold@embl.de
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包档案

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源包	SNPhood_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	SNPhood_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SNPhood_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SNPhood_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPhood
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SNPhood
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SNPhood/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood/
包下载报告	下载数据