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SC3
DOI:10.18129 / B9.bioc.SC3
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SC3。
单细胞共识集群
Bioconductor版本:3.16
无监督聚类的工具和分析单细胞RNA-Seq数据。
作者:弗拉基米尔Kiselev
维护人员:弗拉基米尔Kiselev < vladimir.yu。在gmail.com kiselev >
从内部引用(R,回车引用(“SC3”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SC3”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SC3”)
| HTML | R脚本 | SC3包手册 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 分类,聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GUI,ImmunoOncology,RNASeq,SingleCell,软件,SupportVectorMachine,转录,转录组,可视化 |
| 版本 | 1.26.2 |
| Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(7年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.3) |
| 进口 | 图形、统计、跑龙套,方法、e1071平行,foreach, doParallel, doRNG,闪亮,ggplot2, pheatmap (> = 1.0.8), ROCR, robustbase, rrcov,集群,WriteXLS, Rcpp (> = 0.11.1),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,BiocGenerics,S4Vectors |
| 链接 | Rcpp, RcppArmadillo |
| 建议 | knitr、rmarkdown mclust,嘘 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/hemberg-lab/SC3 |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/t/sc3/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 盛宴 |
| 建议我 | InteractiveComplexHeatmap,scTreeViz,VAExprs |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SC3_1.26.2.tar.gz |
| Windows二进制 | SC3_1.26.2.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SC3_1.26.2.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SC3_1.26.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SC3 |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SC3 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SC3/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SC3/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
