林格

DOI:10.18129 / B9.bioc.Ringo

这是发展林格的版本;稳定的发布版本,请参阅林格。

R调查ChIP-chip Oligoarrays

Bioconductor版本:发展(3.16)

包林格推动ChIP-chip的主要分析数据。包装的主要功能是数据写入、质量评估、数据可视化和识别基因组区域显示ChIP-chip浓缩。包从罗氏函数处理双色寡核苷酸微阵列用于ChIP-chip项目,但也包含了更一般的函数ChIP-chip数据分析,考虑到数据提供RGList(生)或ExpressionSet(前处理)。的包使用函数从各种其他包Bioconductor项目和提供了额外的ChIP-chip-specific和NimbleGen-specific功能。

作者:Joern Toedling,奥列格•Sklyar Tammo克鲁格,沃尔夫冈·胡贝尔马特•里奇

维护人员:j . Toedling < jtoedling在yahoo.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“林格”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“林格”)

PDF	R脚本	罗氏Oligoarrays R调查
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,微阵列,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.61.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(15.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,Biobase(> = 1.14.1),RColorBrewer,limma,矩阵、网格晶格
进口	BiocGenerics(> = 0.1.11),genefilter,limma,vsn,stats4
链接
建议	rtracklayer(> = 1.3.1),mclust,topGO(> = 1.15.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ccTutorial,SimBindProfiles
进口我	Repitools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Ringo_1.61.0.tar.gz
Windows二进制	Ringo_1.61.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Ringo_1.61.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Ringo
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/林格
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Ringo/
包下载报告	下载数据