ReportingTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReportingTools

使报告以各种格式的工具

Bioconductor版本:版本(3.16)

ReportingTools软件包使用户能够方便地显示分析结果的报告生成等来源的芯片和测序数据。包允许用户创建HTML页面,可以在一个web浏览器Safari等或其他格式可读的Excel等项目。用户可以生成表和合适的滤过性的列,使情节和显示,表格条目链接到其他数据源如NCBI或更大的阴谋在HTML页面。使用包,用户还可以生成目录页面链接各种报告为一个特定的项目,可以在web浏览器中查看。更多的例子,请访问我们的网站:http:// research-pub.gene.com/ReportingTools。

作者:杰森·a·哈克尼,梅兰妮亨特利,杰西卡·l·拉尔森克里斯蒂娜Chaivorapol,加布里埃尔·贝克尔,Josh Kaminker

维护人员:杰森·a·哈克尼<哈克尼。加布里埃尔·杰森在gene.com >贝克尔<贝克。加布在gene.com >,杰西卡·l·拉尔森<拉尔森。杰西卡在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ReportingTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ReportingTools”)

HTML	R脚本	Knitr和ReportingTools
PDF	R脚本	报道微阵列的微分表达式
PDF	R脚本	报道RNA-seq微分表达式
PDF	R脚本	ReportingTools基础知识
PDF	R脚本	ReportingTools闪亮的
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,去,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,软件,可视化
版本	2.38.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,knitr,跑龙套
进口	Biobase,hwriter,类别,GOstats,limma(> = 3.17.5),晶格,AnnotationDbi,刨边机,注释,PFAM.db,GSEABase,BiocGenerics(> = 0.1.6)、网格XML,R.utils,DESeq2(> = 1.3.41),ggplot2,ggbio,IRanges
链接
建议	RUnit,所有,hgu95av2.db,org.Mm.eg.db,闪亮的,pasilla,org.Sc.sgd.db,rmarkdown,减价
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	rnaseqGene
进口我	affycoretools
建议我	cpvSNP,EnrichmentBrowser,GSEABase,npGSEA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ReportingTools_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	ReportingTools_2.38.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ReportingTools_2.38.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ReportingTools_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReportingTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReportingTools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ReportingTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReportingTools/
包下载报告	下载数据