这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RcisTarget。
Bioconductor版本:3.16
RcisTarget识别转录因子结合主题(TFBS)安置在一个基因列表。在第一步,RcisTarget选择DNA图案的席位在转录起始站点的环境(TSS)基因的基因簇。这是通过使用一个数据库,其中包含全基因组跨物种为每个主题的排名。TFs的图案,然后注释和规范化的高浓缩的分数(NES)被保留。最后,对于每个主题和基因簇,RcisTarget预测候选靶基因(即基因的基因片段的排名高于前缘)。
作者:Sara Aibar,哥特Hulselmans, Aerts斯坦。计算生物学的实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶
维护人员:莎拉Aibar <萨拉。在kuleuven.vib.be aibar >
从内部引用(R,回车引用(“RcisTarget”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RcisTarget”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“RcisTarget”)
HTML | R脚本 | RcisTarget——区域 |
HTML | R脚本 | RcisTarget——背景 |
HTML | R脚本 | RcisTarget:转录因子结合主题浓缩 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,MotifAnnotation,软件,转录,转录组 |
版本 | 1.18.2 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.5.0) |
进口 | AUCell(> = 1.1.6),BiocGenerics、数据。表格、图形、GenomeInfoDb,GenomicRanges箭头(> = 2.0.0)、dplyr宠物猫,GSEABase、方法、R。跑龙套,统计数据,SummarizedExperiment,S4Vectors,跑龙套 |
链接 | |
建议 | Biobase,BiocStyle,BiocParalleldoParallel, DT, foreach gplots,rtracklayerigraph knitr,RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp,testthat rmarkdown visNetwork |
SystemRequirements | |
增强了 | doMC doRNG,动物园 |
URL | http://scenic.aertslab.org |
BugReports | https://github.com/aertslab/RcisTarget/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | RcisTarget_1.18.2.tar.gz |
Windows二进制 | RcisTarget_1.18.2.zip |
macOS二进制(x86_64) | RcisTarget_1.18.2.tgz |
macOS二进制(arm64) | RcisTarget_1.18.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RcisTarget |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RcisTarget |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/RcisTarget/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RcisTarget/ |
包下载报告 | 下载数据 |