RTCGAToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGAToolbox

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RTCGAToolbox。

一个新工具出口TCGA流水数据

Bioconductor版本:3.16

管理数据从大型项目如癌症基因组图谱(TCGA)进一步分析是一个重要的研究项目和耗时的步骤。TCGA等努力,消防带项目,通过web服务和数据预处理数据公开门户网站,但它需要管理,为以下步骤下载并准备数据。我们开发了一个开源的和可扩展的基于R消防带预处理的数据端数据和证明其使用样本案例研究。结果表明,RTCGAToolbox可以提高数据管理TCGA研究人员感兴趣的数据。此外,它可以结合其他分析管道进行数据分析。

作者:穆罕默德Samur (aut),马塞尔•拉莫斯(aut (cre),路德维希Geistlinger(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RTCGAToolbox”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RTCGAToolbox”)

HTML	R脚本	RTCGAToolbox教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,测序,软件
版本	2.28.4
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	BiocGenericsdata.table,DelayedArray,GenomicRanges,GenomeInfoDbgrDevices httr,limma、方法、RaggedExperiment,RCurl RCircos RJSONIO,房车,S4Vectorsstringr(> = 0.23.10),统计数据,SummarizedExperiment生存,TCGAutils(> = 1.9.4),跑龙套,XML
链接
建议	BiocStyle,Homo.sapiens,readr knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/
BugReports	https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues
取决于我
进口我	cBioPortalData,TCGAWorkflow
建议我	TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RTCGAToolbox_2.28.4.tar.gz
Windows二进制	RTCGAToolbox_2.28.4.zip
macOS二进制(x86_64)	RTCGAToolbox_2.28.4.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RTCGAToolbox
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RTCGAToolbox/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/
包下载报告	下载数据