PeacoQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.PeacoQC

这是发展PeacoQC版本;稳定版请参见PeacoQC．

基于峰的高质量细胞检测数据的选择

Bioconductor版本:开发(3.16)

这是一个包，包括预处理和质量控制功能，可以删除边缘事件，补偿和转换数据，并将使用PeacoQCSignalStability进行质量控制。最后一个函数将首先检测流帧每个通道中的峰值。它将基于IsolationTree函数和MAD离群值检测方法去除异常。该软件包可用于流式细胞术和海量细胞术数据。

作者:Annelies Emmaneel [aut, cre]

维护者:Annelies Emmaneel < Annelies。Emmaneel在hotmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PeacoQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PeacoQC”)

超文本标记语言	R脚本	PeacoQC_Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FlowCytometry，PeakDetection，预处理，质量控制，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (>= 4.0)
进口	circlize，ComplexHeatmap，flowCore，flowWorkspace，ggplot2， grDevices，网格，gridExtra、方法、plyr，统计，效用
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/saeyslab/PeacoQC
BugReports	http://github.com/saeyslab/PeacoQC/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PeacoQC_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	PeacoQC_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	PeacoQC_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PeacoQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PeacoQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PeacoQC/
软件包下载报告	下载数据