Bioconductor版本:版本(3.16)
胰腺导管腺癌(PDA)相对贫穷的预后,是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类有可能识别有意义的亚型可通知临床治疗策略。胰腺癌腺癌作为工具(PDATK)提供了一个S4基于类的接口进行无监督亚型的发现,cross-cohort meta-clustering, gene-expression-based分类,和随后的生存分析确定影响预后的有用亚型在胰腺癌和超越。两个新方法,共识亚型在胰腺癌(中海壳牌)和胰腺癌总体生存预测(PCOSP)包括一致同意meta-clustering和总生存期预测,分别。此外,四个亚型分类器和三个发表出版预后基因签名包含允许用户轻松地创建发布结果,现有分类器应用于新数据和基准的相对性能的新方法。使用现有的Bioconductor类作为输入所有PDATK类和方法使集成与现有Bioconductor数据集,包括21个胰腺癌患者群中可用MetaGxPancreas数据包。PDATK被用来复制结果Sandhu et al (2019) [https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]和额外的纸是在工程使用包括出版中海壳牌验证亚型分类器,这两个在MetaGxPancreas使用可用的数据。包含亚型质心和预后基因签名从这些和其他出版物将使研究人员和临床医生对小说进行分类患者基因表达数据,允许的直接临床应用分类器包含在PDATK。总的来说,PDATK提供了一组丰富的工具来识别和验证有用的预后和分子亚型的基因表达数据的基础上,对现有新基准分类器,在小说病人数据发现了分类器应用于临床决策提供信息。
作者:这个Sandhu (aut) Heewon Seo (aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut) Neha Rohatgi[所有],本杰明Haibe-Kains (aut (cre)
维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >
从内部引用(R,回车引用(“PDATK”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PDATK”)
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查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“PDATK”)
HTML | R脚本 | PCOSP:胰腺癌总体生存预测 |
HTML | R脚本 | PDATK_introduction.html |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | 分类,聚类,GeneExpression,GenePrediction,遗传药理学,药物基因组学,软件,生存 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.1),SummarizedExperiment |
进口 | data.table,MultiAssayExperiment,ConsensusClusterPlus,igraph,ggplotify,matrixStats,RColorBrewer,clusterRepro,CoreGx,脱字符号,survminer、方法、S4Vectors,BiocGenerics,生存统计数据,plyr,dplyr,MatrixGenerics,BiocParallel,rlang,钢琴,尺度,survcomp,genefu,ggplot2,开关箱,reportROC,pROC,验证,跑龙套 |
链接 | |
建议 | testthat(> = 3.0.0),msigdbr,BiocStyle,rmarkdown,knitr,HDF5Array |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/bhklab/PDATK/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | PDATK_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | PDATK_1.6.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | PDATK_1.6.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | PDATK_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PDATK |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PDATK |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/PDATK/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PDATK/ |
包下载报告 | 下载数据 |