NxtIRFcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.NxtIRFcore

NxtIRF的核心引擎:使用IRFinder引擎的用户友好的内含子保留和可选剪接分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

交互式分析RNA-seq数据中的内含子保留和替代剪接事件(ASE)。NxtIRF量化BAM文件中的ASE事件,使用拼接感知校准器(如STAR)对准基因组。核心量化算法依赖于IRFinder/ c++引擎通过Rcpp进行多平台兼容。此外,NxtIRF为下游分析和准备发布的可视化工具提供了方便的管道。注意,在Bioconductor 3.16版本中,NxtIRFcore现在已经被SpliceWiz所取代。

作者:Alex Chit Hei Wong [aut, cre, cph], William Ritchie [cph], Ulf Schmitz [ctb]

维护者:Alex Chit Hei Wong

引文(从R内,输入引用(“NxtIRFcore”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“NxtIRFcore”)

超文本标记语言 R脚本 差异可选剪接和内含子保留分析
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing报道DifferentialSplicingRNASeq软件转录组
版本 1.4.0
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0),NxtIRFdata
进口 方法,统计,utils,工具,并行,magrittrRcpp(> = 1.0.5),data.tableggplot2AnnotationHubBiocFileCacheBiocGenericsBiocParallelBiostringsBSgenomeDelayedArrayDelayedMatrixStatsgenefilterGenomeInfoDbGenomicRangesHDF5ArrayIRanges情节R.utilsrhdf5rtracklayerSummarizedExperimentS4Vectors
链接 RcppzlibbiocRcppProgress
建议 knitrrmarkdownpheatmap闪亮的openssl蜡笔DESeq2limmaDoubleExpSeqRsubreadtestthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/alexchwong/NxtIRFcore
BugReports https://support.bioconductor.org/
全靠我
进口我
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链接到我
构建报告

包档案

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源包 NxtIRFcore_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 NxtIRFcore_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) NxtIRFcore_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) NxtIRFcore_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NxtIRFcore
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NxtIRFcore
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/NxtIRFcore/
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