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NewWave
DOI:10.18129 / B9.bioc.NewWave
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NewWave。
scRNA-seq负二项模型
Bioconductor版本:3.16
降维的模型设计和批处理效果为scRNA-seq数据删除。它被设计成大规模的并行使用共享对象,防止内存复制,它可以用于不同的mini-batch方法以减少时间消耗。它假定的负二项分布数据与色散参数可以genewise commonwise跨基因。
作者:费德里科•Agostinis (aut (cre),奇亚拉Romualdi (aut) Gabriele销售(aut),大卫Risso (aut)
维护人员:费德里科•Agostinis <费德里科•。在outlook.com agostinis >
从内部引用(R,回车引用(“NewWave”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NewWave”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NewWave”)
| HTML | R脚本 | 装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BatchEffect,报道,GeneExpression,回归,测序,SingleCell,软件,转录组 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.0),SummarizedExperiment |
| 进口 | 方法,SingleCellExperiment、平行、irlba矩阵,DelayedArray,BiocSingular,SharedObject,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat rmarkdown,飞溅,Rtsne mclust ggplot2 Rcpp,BiocStyle,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/fedeago/NewWave/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | NewWave_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | NewWave_1.8.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | NewWave_1.8.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | NewWave_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NewWave |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NewWave |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/NewWave/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NewWave/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
